La chiesa di Santo Stefano protomartire s’inquadra nell’ambito degli edifici religiosi, che hanno cambiato fisionomia strutturale e architettonica negli anni. La struttura della chiesa antica e la tipologia originaria sono state radicalmente stravolte. L’edificio religioso nasceva nell’ambito della tradizione culturale “bizantina”, molto presente nel territorio del basso Salento e nel territorio locale. La chiesa è edificata lungo le pendici di una collina in leggero declivio, dove si estende un basamento di roccia calcarea costruita da pietra tufacea (càrparo). Il materiale utilizzato per l’edificazione della chiesa è infatti il tufo e il càrparo. L’edificio religioso è collocato su un imponente snodo viario, all’incrocio delle strade, di origine romana, che menavano ai casali di Ortenzano e di Varano e, quindi ad Ugento.
La struttura è quella semplice ad unica aula (navata), orientata secondo i canoni della religione Cristiano-Bizantino, cioè con la facciata rivolta ad ovest e l’abside ad est. La struttura attuale, quindi, ben poco conserva di quella originaria, se non qualche elemento, come ad esempio la facciata con la lunetta superiore a tutto sesto, che richiamava quella di S. Maria della Strada, ma in questo caso molto semplice e priva della elaborata e preziosa decorazione di quest’ultima. Sul lato a settentrione si conserva un piccolo finestrino con arco a tutto sesto, sicuramente in basso era collocata la porta laterale di accesso alla navata.
Un altro elemento che accomuna le due chiese è la presenza nelle immediate vicinanze di una struttura a grotta scavata (ipogea) nella roccia di carparo.
Riguardo le finestre che illuminavano l’interno, probabilmente non dovevano solo essere quelle che noi oggi vediamo, ma almeno il doppio e posizionate simmetricamente rispetto alla navata. Il tetto a capanna con copertura a tegole deteriorate e cadente è stato sostituito, nel 1654, da coperture in muratura con volte del tipo a spigolo alla “leccese”, data riportata sulle stesse. Lo spazio, quindi, veniva organizzato e suddiviso in tre campate, tante quante sono le cellule voltate.
L’adattamento a questo tipo di coperture comportò una notevole trasformazione muraria e statica della sua struttura. Per il tipo di funzione statica di tali volte si sono dovuti rinforzare, successivamente, gli appoggi. Infatti, sono stati costruiti, in corrispondenza dei pilastri interni di appoggio delle volte in muratura, dei pilastri esterni con funzione di rinforzo e di contraffortatura, invadendo anche la carreggiata stradale e l’apposizione di catene in ferro con funzione di tiranti. Dal rifacimento della copertura fu mantenuta l’ubicazione dell’originario piccolo campanile, come dimostra il buco sul lastrico della stessa, che serviva per il passaggio della corda campanaria, poi successivamente demolito. A questa si aggiunsero alla fine del settecento (1796) altri lavori di ristrutturazione e di consolidamento strutturale. Allo stesso periodo, probabilmente, risale lo spostamento ad oriente della facciata e dell’ingresso principale, originariamente esposti e collocati a ponente.
Tale modifica cambiò radicalmente al tempio, sia l’aspetto architettonico, sia l’impostazione tipologico-strutturale originaria. Tale trasformazione comportò la demolizione del timpano della vecchia facciata e quindi la ricostruzione, nelle stesse linee e forme di quella esistente, di uno nuovo e della stessa facciata, ma rivolta in tutt’altra direzione.
Di conseguenza, si rese necessario costruire all’ingresso un piccolo sagrato, anch’esso sollevato dal piano stradale, realizzando una stretta scalinata per permettere l’accesso. Come pure, probabilmente, a tale periodo risale l’ideazione e la costruzione del pregevole altare attuale, che si rifà ai motivi classici costruiti in quel periodo per le altre chiese.
Ulteriori trasformazioni furono eseguite alla fine dell’Ottocento sull’area del vecchio sagrato della chiesa. Infatti, negli anni 1891-1892, la sezione presbiterale della cappella di Santo Stefano fu ulteriormente rinnovata per l’aggiunta di una minuscola sacrestia nella parte posteriore dell’altare, l’apertura di un ingresso secondario nella stessa, e la sostituzione del vecchio campanile monoforo a vela, con altro a forma di torre monocuspidata, sul cui vertice venne collocata una statua. Alla sacrestia, costruita su due piani con coperture a volte a botte, con al piano un vano che ospita l’organo, collegato alla navata da un’ apertura a balcone, sicuramente al posto dell’originario rosone, si affianca una stretta e angusta scaletta in muratura che porta fino alle coperture della chiesa. In questa chiesa sono conservate le statue dell’Immacolata, di S. Stefano, dell’Addolorata e del Cristo morto, deposto in una bara di vetro.